具体分析，注册税务师和税务师事务所在执业中主要存在以下几个方面的问题。
首先是涉税鉴证文书和鉴证质量普遍不高。其主要表现为鉴证报告制作不规范，鉴证事项反映不完整，鉴证附送资料不完整。究其原因主要是税务师事务所涉税鉴证人员太少。目前全国取得注册税务师从业资格的人员不足9万，其中具有执业资格的不到3万，而全国有4000余家税务师事务所，平均每家还不到10名注册税务师。为了赚钱，一些非注册税务师甚至借用注册税务师的印章，为客户出具鉴证报告。
其次是注册税务师行业的业务拓展过于依赖税务机关或税务人员。目前，一些地方的部分税务师事务所在拓展业务上与税务机关的关系过于“密切”，甚至为了获得基层税务机关和税务人员对其业务的认可，通过给予好处费、介绍费，或较高比例的业务费用提成等形式拉拢腐蚀税务人员，这些现象很值得警惕。
最后是部分地方对税务师事务所的监管形同虚设。目前，各地对税务师事务所的监管形式为国税、地税联合监督，监管依据主要是国家税务总局的14号令，监管手段主要依靠年审把关，并没有一个强有力的法律制度来对税务师事务所进行有效的日常监督。
如何解决目前税务师事务所存在的问题，提升涉税鉴证质量？笔者以为，以下几条途径值得尝试。
第一，尝试实行公示制度，促进纳税人对该行业的知晓度和评价。目前对税务师事务所公示仅为名称、地址、电话等，没有对税务师事务所业绩、执业人员及从业人员、上年度涉税鉴证事项办理数量与税务机关审查结果等情况的公示。如能建立一套评价制度体系，将上述内容予以公布，不仅保证纳税人的知晓度和选择权，而且能为行业发展创造一个公平的竞争环境。
第二，实行涉税鉴证事项标准的公告制度，明确纳税人哪些事项必须办理涉税鉴证，并明确具体的量化标准和要求。目前内资企业涉税鉴证报告主要有6种，即企业所得税汇缴鉴证、企业所得税清算鉴证、财产损失鉴证、弥补亏损鉴证、房地产开发企业有关资料差异调整、土地增值税清算鉴证，但在国家税务总局及省、市税务部门下发的文件中，并没有明确具体的量化标准和要求，可操作性不强。
第三，实行涉税鉴证网上传递制度，及时掌握了解纳税人鉴证事项。实行涉税鉴证备案，要求税务师事务所要按季度将涉税鉴证事项以清单形式报告给税务部门，由税务部门定期公布；建立一个涉税鉴证报告上传平台，一定权限的人员可以分级查询，这样不仅可以让税务机关了解事务所从事涉税鉴证的情况，而且可以让更多的人了解、掌握涉税鉴证内容，让事务所鉴证具体事项都一目了然。
第四，实行代理事项审查制度，促进税务师事务所自律。依据《合同法》和《税收征管法》的相关要求，建立一套对涉税鉴证事项的审查制度，凡税务师事务所出具无保留意见的涉税鉴证报告，该事项涉及的税收风险就应由税务师事务所负担，改变目前纳税人办理涉税鉴证时，税务师事务所鉴证报告仅作为税务机关认定相关事项的参照资料之一，相关税收法律责任总是由纳税人负担的局面。