税务处理是税务行政执法、纳税义务履行、税务中介机构执业的行为，其任务是保证税务处理的行为合法，防范税务处理的违法风险。税务处理涉及多层次的法律确认，按照税务处理的次序，可以细化为六个层次的法律确认：一是交易行为事实的确认，二是业务核算、会计核算、统计核算证据证明的确认，三是交易法律关系的确认，四是交易适用法律依据的确认，五是税收权利义务的确认，六是违法责任的确认。
交易行为事实的确认
纳税义务以交易行为事实为基础，只有发生了税法规定交易行为的主体才是纳税义务人，不存在没有行为事实的税收主体。因此，交易行为事实的确认是税务处理的起点，包括民法事项确认和行政法事项确认。
交易事实的确认，应避免事实证据的不可逆转或客观不可能风险。如企业不动产对外投资，在办理过户前交易是可以选择的，办完过户后则属于不可逆或不可能事项，即使发现了税收风险再反过户则属于第二次交易。一项交易如果是国家没有设定行政监管程序的交易，属于一般市场交易活动，民法上称为非要式交易；如果设有行政监管程序的交易，则属于要式交易。如不动产交易实行先税后证制度，过户程序是法定的市场监管程序，未履行过户程序，交易无效。又如股权交易国家设定了登记程序，未履行登记程序，交易无效。
交易事实证据证明的确认
交易事实必须是有证据证明的事实，完成交易行为事实确认后，进入了第二层次的法律确认——交易事实的证据证明确认。税务处理人应遵循民法证据制度、行政法证据制度、刑法证据制度，通过交易业务核算、会计业务核算、统计核算的有关信息资料收集，取得具有合法性、相关性、真实性的证据。需要强调的是，证据事项是以三个核算为基础的，会计核算资料并不是证据的唯一来源，业务核算和统计核算是税务处理证据的重要来源。因为，会计核算的对象是资金运动的事后反映和监督，并不能替代税务处理所需要的统计核算资料和业务核算资料。
证明过程要解决六个交易事实问题：谁在交易、是什么交易、怎么交易、交易对价、交易时间、交易的金额和数量。
交易法律关系的确认
交易相关的税收权利义务确认，是以交易单务法律关系为基础的。单务法律关系告诉我们，交易主体换出了什么资产，或换入了什么资产，这种换出换入行为和资产类型决定了将发生什么纳税义务。任何一项交易的法律关系结构，是由若干个单务法律关系组成的复合结构。商品购销或资本交易是双务法律关系，最简单的复合法律关系构成，是由四个单务法律关系组成的复合法律关系，交易双方的换出义务关系和换入权利关系。由于单务法律关系是交易主体与换出资产或换入资产的对价形式一一对应，因此影响一个复合交易法律关系中单务法律关系总量的因素，一是交易各方当事人的数量，二是资产种类的数量。
案例一：资产所有人数量影响单务法律关系组成。A资产组由A1、A2、A3共同所有，协议约定A1、A2、A3将A资产组转让给B，换取B拥有的土地一宗。该项A资产组换土地的交易，由十二个单务法律关系组成，A1-B、A2-B、A3-B分别产生四个单务法律关系。如果A资产组的拥有人不是共有而是一人所有，该项交易的复合法律关系是由四个单务法律关系组成。
案例二：对价形式数量影响单务法律关系组成。如A用公允价值1000万元（其中货币200万元、货物300万元、不动产500万元）的资产组，换取B公允价值为1000万元楼房。在该项复合交易法律关系，由8个单务法律关系组成，组成情况是：A四个单务法律关系，包括：换入楼房权利关系、换出货币200万元义务关系、换出货物300万元义务关系、换出不动产500万元义务关系；B四个单务法律关系，包括：换出楼房义务关系、换入货币200万元权利关系、换入货物300万元权利关系、换入不动产500万元权利关系。
交易法律依据适用的确认
法律依据适用，包括两个层面：一是交易处理适用的法律规范，是确认民事或行政权利义务关系的法律依据，是税务后果的间接法律规范，如民法、市场监管行政法。二是税务处理适用的法律规范，是确认税收权利义务的法律依据，是税务后果的直接法律规范，如税收实体法和税收程序法。
税收法律规范的适用，必须解决税收法律关系主体和税收法律关系载体（交易对价）两个问题。这两个问题的解决是以交易法律关系的单务法律关系确认为条件的。税收权利义务关系是以单务交易法律关系为基础的，一方面对一个交易主体换出资产要确认所发生的纳税义务，另一方面对一个交易主体换入资产要确认所发生的纳税义务。税收上常用的方法是交易分解法，如A企业以1亿元人民币土地使用权对外进行股权投资，换取了B企业8000万元人民币股权资产、2000万元现金。A企业对外投资可以分解为三项业务，一是以土地进行权益投资，二是取得B企业股权资产，三是购进商品。这三个交易就是三个单务法律关系，一是换出土地使用权的义务关系，二是取得B企业股权资产的权利关系，三是取得B公司商品的权利关系。
交易税收权利义务确认
税收权利义务事项，一是实体法事项，二是程序法事项。实体法事项是根据交易事项单务法律关系确认的纳税权利或义务，程序法事项是实体法事项有关的税款征收事项和税务管理事项。
如A企业对外投资分解的三个单务法律关系，一是以土地进行权益投资，会发生营业税、土地增值税、印花税的纳税义务；二是取得B企业股权资产，会发生印花税纳税义务；三是购进商品，会发生增值税抵扣权利、印花税纳税义务、所得税计税基础确认义务、资产结转成本权利。
交易违法责任的确认
纳税人税收违法责任，是因税收违法而承担的法律责任。如果纳税人确定纳税义务违法或称税收义务后果未尽责任，必然会承担未尽税收义务后果的责任——补缴税款，缴纳滞纳金和罚款的法律责任。